اولین دستور العمل امام امت در روز اول مهرماه سال 1359 صادر شد : بسم الله الرحمن الرحیم
مطالب زیر ابلاغ می‌گردد :
1-باید اطاعت از شورای فرماندهی بدون کوچکترین تخلف انجام گیرد و متخلفین با سرعت و قاطعیت باید تعیین مجازات شوند. 2-باید اشخاص و مقامات غیرمسئول از دخالت در امر فرماندهی خودداری کنند و فرمانده کل قوا به نمایندگی اینجانب و شورای فرماندهی مسئول امور جنگی هستند.
3-در شرایط فعلی اقدام دادگاههای ارتش در اموری که شورای فرماندهی صلاح نمی‌داند بدون اطلاع اینجانب، ممنوع اعلام گردد. 4-رادیو و تلویزیون موظفند اخباری را نقل کنند که صدرصد صحت آن ثابت باشد و برای عدم اضطراب و تشویش اذهان، اخبار را از غیر منابع موثق نقل ننمایند.
5-نیروهای انتظامی موظف هستند کسانی را که دست به شایعه سازی می‌زنند از هر قشر و گروهی که باشند فوراً‌ دستگیر و به دادگاههای انقلاب تسلیم و دادگاههای مذکور آنان را در حد ضد انقلابیون مجازات نمایند.
6-روزنامه‌ها در وضع فعلی موظفند از نشر مقالات و اخباری که قوای مسلح را تضعیف می‌نمایند جداً خودداری نمایند که امروز تضعیف این قوا عقلاً و شرعاً‌حرام و کمک به ضد انقلاب است من کراراً از نیروهای مسلح عزیز پشتیبانی نموده‌ام و امروز که آنان در جبهه جنگ با صدام کافر هستند تشکر می‌کنم و از زحمات آنان قدردانی می‌نمایم و از خداوند متعال توفیق و پیروی آنان را طلب می‌نمایم.
7-اکیداً همه قشرهای ملت و ارگانهای دولتی موظف شرعی هستند که دست از مخالفت‌های حزبی که دارند بردارند و با مخالفت خود کمک به دشمنان اسلام ننمایند.
والسلام
روح الموسوی الخمینی
اول مهرماه 1359